29 czerwca 1985 r. metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski utworzył ośrodek duszpasterski w Koszarawie Bystrej, który powierzył naszej Prowincji Wniebowzięcia NMP.

Parafia została erygowana 1 września 1989 r. Poświęcenie blaszanej kaplicy nastąpiło 4 października 1989 r. Do tego czasu Msze święte odprawiano w kaplicy tymczasowej w domu prywatnym.

Budowa klasztoru zaczęła się od 1993 r., a kościoła od 1998 r. Kościół i klasztor został zaprojektowany przez mgr inż. architekta Zdzisława Mikołajka, pochodzącego Koszarawy. Dom zakonny został kanonicznie erygowany 28 czerwca 1995 r.

4 października 2006 r. biskup bielsko-żywiecki Tadeusz Rakoczy dokonał uroczystego poświęcenia kościoła w Koszarawie Bystrej pod wezwaniem Stygmatów św. Franciszka. Poświęcenie to zakończyło wieloletni trud wznoszenia kościoła i klasztoru.